Leo San Juan, Teodora, Don Andrés, Alebrije y las Calaveritas de Azúcar emprenden una nueva aventura, esta vez, para atrapar a La Llorona, el espectro que tiene asolado al pueblo de Xochimilco. Sin embargo, sus planes se vienen abajo cuando el globo en el que viajan cae en medio de una tormenta. Leo es separado de su equipo y rescatado por Kika. Juntos, intentarán traer con vida a Beto, el hermano de Kika que desapareció en manos de la Llorona, pero para eso tendrán que resolver el misterio que envuelve los orígenes del temible espectro.
